肿瘤研究常用数据库：GEPIA2

一、肿瘤研究常用数据库:GEPIA2

1、GEPIA2是一个在肿瘤研究中广泛应用的数据库。它对科研人员特别有价值，尤其在面对未知基因时。当你对某个基因的功能、与其他基因的相互作用以及在特定肿瘤中的表达情况感到困惑时，GEPIA2可以提供一些有用的信息。

2、进入GEPIA2的界面后，首先可以看到不同肿瘤类型中基因表达的差异。通过输入肿瘤类型，可以比较肿瘤与正常样本中基因的表达情况，揭示基因在肿瘤发展中的作用。

3、此外，GEPIA2允许用户查找特定靶基因在对应肿瘤中的表达情况，以及在肿瘤不同阶段的表达差异。这有助于深入理解基因在肿瘤发展过程中的动态变化。

4、数据库还提供了生存曲线分析功能，帮助研究者分析基因与患者生存率之间的关系。选择不同的分析类型（如OS或RFS），并设定分组切割点，可以揭示基因表达与患者预后之间的关联。

5、GEPIA2的一个独特功能是分析基因之间的相关性，这同样适用于靶基因与潜在转录因子的分析。通过这个功能，研究者可以探索潜在的调控关系，尽管需要结合其他实验数据来验证。

6、使用GEPIA2时，需注意数据库分析结果仅提供提示和帮助，不能直接代表湿实验中的现象。数据来源和分析方法的差异也可能影响结果的解读。因此，在分析数据库信息时，应结合自身的实验数据进行综合分析。

7、最后，希望GEPIA2能为您的科研工作提供支持。科研之路充满挑战，但每天都有数据等着被发现。记得关注和点赞，后续将带来更多有价值的内容分享。

二、肿瘤相关数据库介绍

肿瘤是医学领域的一大难题，深入理解肿瘤的基因特征和预后情况对于疾病的预防、诊断和治疗至关重要。本文将介绍几个关键的肿瘤相关数据库，帮助研究人员和临床医生获取宝贵信息。

首先，Cancer Today数据库（gco.iarc.fr/today/home）提供了全球肿瘤的发病率和死亡率排名。通过点击“Multi bars”功能，用户可以直观地查看各类肿瘤的情况。以乳腺癌为例，它在全球范围内发病率位居首位；而肺癌的死亡率则在全球排名第一。

接下来，Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库（cancerrxgene.org/）为药物敏感性研究提供了强大的支持。以Doxorubicin为例，用户可以获取其IC50值及其分布情况，从而了解不同药物对肿瘤的潜在影响。

Lnc2Cancer v2.0（biobigdata.net/lnc2canc...）专为研究长链非编码RNA（lncRNA）而设。数据库显示lncRNA在特定肿瘤中的研究情况、验证情况、测序数据等。点击任意lncRNA，用户可以看到详细信息，包括名称、肿瘤类型、表达模式、是否与药物耐药性相关、是否在循环中出现以及是否能够预测预后。

MEXPRESS数据库（mexpress.be/）探索了基因甲基化、表达与临床表型之间的关联。用户只需在左侧输入基因并选择特定癌症类型，即可进行分析。

OncoKB（oncokb.org/）是由MSK癌症中心维护的精准医疗肿瘤数据库，提供基于证据的somatic突变和结构突变信息，助力治疗决策。以STAT3为例，用户可以查看其在多种癌症中的突变情况和位点分布。

GEPIA数据库（gepia.cancer-pku.cn/）允许用户分析特定基因在肿瘤中的表达，提供生存曲线和基因相关性分析。以HMGA1在胃癌中的表达为例，用户可以直观地看到该基因的表达差异，并评估其与患者生存的关系。

Ualcan数据库（ualcan.path.uab.edu/ind...）从TCGA分析和CPTAC分析两方面提供基因信息。例如，ACE2在子宫内膜癌的表达情况，用户可以查看其在不同样本中的变化，并根据患者特征进行分析。

GCBI数据库（gcbi.com.cn/gclib/html/...）不仅查找文献，还允许用户对基因进行分析，如基因雷达。通过单基因或多基因搜索，用户可以获得涉及多种疾病的基因信息、调控网络等。

CanSAR数据库（cansarblack.icr.ac.uk/）提供了基因与已批准药物、基因蛋白结构、细胞系等之间的关联信息。以EGFR为例，用户可以查看针对该基因的抑制剂、生物活性、相关通路和涉及的癌症类型。

The human protein atlas（proteinatlas.org/）从组织、细胞、病理、脑、血液等方面分析基因表达。以ABCD3为例，用户可以查看其在多种组织和细胞中的分布情况，以及在不同病理条件下的作用。

使用这些数据库，研究者可以高效获取肿瘤相关基因和药物敏感性等信息，为肿瘤的精准医疗提供科学依据。通过实验验证，这些数据将为临床决策和新药研发带来显著价值。请注意，本文提供的链接为示例，实际使用时可能需要访问特定平台以获取最新数据。

三、癌症基因表达数据库 (一)

癌症基因表达数据库是生物医学领域的关键资源，尤其在高通量基因测序技术推动下，癌症相关生物数据急剧增长。这类数据复杂多样，包括基因组变异、基因表达、甲基化等信息。为方便科研人员高效利用这些数据，各类数据库与网页服务器工具不断涌现。以下介绍几种主要的癌症基因表达数据库。

TCGA与ICGC作为综合型数据库，数据来源于大规模癌症合作项目，信息丰富。它们提供基因表达数据（如FPKM归一化或readscounts）的下载服务，但未提供交互式分析。

CGWB则是一个癌症数据可视化数据库，主要展示TCGA的数据。它提供柱状图与热图两种方式，以展示基因表达水平分布与其他相关数据的整合。

cBioPortal是一个综合癌症数据分析数据库，提供数据查询、展示、分析与下载服务。它收录体细胞突变、DNA拷贝数变异、基因表达、DNA甲基化、蛋白质丰度和临床数据等。用户可通过四步查询，对基因表达数据进行热图展示、与其他数据关联分析、基于临床信息的样本比较、基因间表达相关性分析。

GEPIA是一个基因表达数据交互式分析数据库，主要来自TCGA与GTEx。它提供差异表达分析、动态展示、基于基因表达的生存分析、表达相似基因分析、基因表达相关性及主成分分析等功能。

CRN数据库用于基因表达数据分析，数据来源于GEO与TCGA。它将每种癌症分为多个子数据集，用户可选择癌症类型与配对子集进行差异表达分析与mRNA-lncRNA共表达网络构建。

tRF2Cancer数据库提供tRNA衍生小RNA片段（tRFs）鉴定工具、表达丰度估计与基因组展示工具。它基于TCGA数据，提供基于小RNA深度测序数据的tRFs鉴定、表达丰度估计与基因组展示服务。

dbDEMC 2.0是存储和展示癌症样本中差异表达miRNA的数据库，基于GEO和TCGA数据，提供基于基因信息或研究实验的miRNA结果查询。它还支持选择多个癌症，以热图形式展示miRNA差异表达信息。

ISOexpresso数据库提供癌症样本中转录本表达信息和分析，基于TCGA数据，支持组织、癌症类型与基因名的搜索。查询结果包括基因转录本注释信息与不同转录本表达情况。同时，数据库还提供癌症突变数据注释功能。

以上数据库涵盖了癌症研究的多个方面，为科研人员提供多样化的数据访问与分析工具，推动癌症基因表达研究的深入发展。