m6A-Atlas：m6A甲基化综合型数据库

一、m6A-Atlas:m6A甲基化综合型数据库

1、m6A是mRNA和lncRNA上最常见的RNA修饰，对各种生物过程和疾病发展起关键作用。新研究揭示m6A在病毒、压力、热休克和DNA损伤等过程中扮演重要角色，并调控多种分子功能，如RNA-蛋白质互作、RNA稳定性和翻译效率等。m6A失调与多种疾病相关，尤其是癌症如白血病和神经胶质瘤。

2、m6A-Atlas是一个全功能、高可靠度数据库，专门用于解读m6A表观遗传组。它提供了m6A位点和定量表观转录组谱的高置信度集合，包括保护、转录后机制的位点、假定的生物学功能以及单个m6A位点的疾病关联和感染过程中宿主和病毒的转录组。

3、m6A-Atlas的特点包括：收集了7种碱基分辨率技术鉴定的442162个高置信度m6A位点，以及1363个高通量测序样本的定量表转录组谱；收录人、小鼠、黑猩猩等7种脊椎动物和HIV、KSHV、DENV等10种病毒的m6A图谱；通过表观转录组数据预测m6A位点的生物学功能，并推断潜在发病机制；提供转录后机制注释（如RBP结合、microRNA相互作用和剪接位点），并展示多种RNA修饰的图谱数据。

4、m6A-Atlas提供多种使用功能，包括搜索、浏览真核生物不同RNA修饰和病毒m6A修饰位点的总览，以及提供保守性分析工具和差异修饰m6A区域分析。数据库还支持下载原始数据和六种额外的RNA修饰位点资源，为研究m6A复制组复杂性提供了新可能性。

5、m6A-Atlas是一个综合且全面的m6A数据库，拥有大量高可靠度的m6A位点信息，并标注了与转录和转录后机制（TF结合、RBP结合）的关联。这为研究m6A提供了宝贵的工具和资源。

二、...circAtlas 3.0 版本:环状RNA全面信息的综合数据库

中国科学院北京生命科学研究所赵方庆团队在国际知名期刊Nucleic Acids Research上发布了circAtlas 3.0的最新进展，这一备受瞩目的环状RNA研究数据库在2023年9月22日迎来了全面升级。自2018年首次亮相以来，circAtlas一直致力于整合和提供全面的环状RNA信息。

circAtlas 3.0在原有基础上进行了显著扩展，增加了10个物种的数据，涵盖了33个不同组织，总数超过3百万个环状RNA，这使得数据库的物种多样性和组织覆盖更加广泛。同时，新版整合了二代和三代测序数据，提供了更为详尽的环状RNA全长信息，对于癌症研究者而言，还新增了癌症临床样品信息，有助于深入探讨癌症相关circRNA的特性。

为了促进研究交流，circAtlas 3.0遵循了环状RNA社区的倡议，对环状RNA的命名进行了规范化，使得数据的查找和理解更为便捷。此外，数据库还更新了与环状RNA相关的多种内容，如同源性分析、基因组版本变化、RNA结构预测以及功能注释等，为研究人员提供了更深入的分析工具。

访问circAtlas 3.0的途径包括ngdc.cncb.ac.cn/circatl...和circatlas.biols.ac.cn/。尽管如此，用户可能注意到在某些组织统计图上有所缺失，这可能是新版更新中的一些遗憾，但也可能是为了优化用户体验和数据处理策略。

对于长期使用circAtlas的科研人员来说，这一更新无疑为他们的研究提供了新的视角和可能，期待它在未来继续推动环状RNA领域的研究进展。

三、19个单细胞测序数据库推荐!

1、存储并提供由世界各地实验室提供的单细胞数据，旨在单细胞水平研究人体，分析不同细胞类型发育和活动的分子机制，以及与疾病相关的生物变化。用户可提供、查找或访问数据，研究不同细胞如何聚集形成组织，以及在不同疾病背景下的生物变化。

2、专注于标准化单细胞数据集，提供从单细胞水平可视化分析RNA-Seq数据的工具，包含120篇免疫相关和182篇非免疫单细胞文献的数据，用户可直接下载BAM文件，探索免疫和非免疫细胞的不同状态。

3、专注于肿瘤细胞不同功能状态的全面解码，提供肿瘤单细胞功能状态的图谱，关联蛋白编码基因、PCG和lncRNA，促进肿瘤机制的理解，提供疾病相关基因在不同细胞中的活性分析。

4、由Broad研究所建立，收录525个研究、31843492个单细胞测序数据，用户可按study和gene进行检索，了解基因在不同细胞类型中的表达情况。

5、包含638个study中的4000万种细胞，覆盖107个组织、细胞系或类器官、158种疾病和20个平台，用于细胞和细胞子集的聚集分析，提供基因表达的可视化，以及在线工具支持单细胞RNA-seq数据的集成、注释和投影。

6、探索小鼠和人类单细胞RNA测序结果分析的数据库，用于细胞分群注释，包含1368个单细胞实验的预处理和预分析结果，涵盖多种组织和器官，超过500万个细胞的分析。

7、提供不同疾病不同细胞类型的基因表达谱分析，记录946481个条目，对应341种细胞类型、29种组织和25种疾病，分析疾病中的异常细胞和正常细胞的差异基因表达谱。

8、为人类和小鼠组织提供各种细胞类型的细胞标记资源，收集158个人体组织、亚组织中467个细胞类型的13,605个细胞标记物和81个小鼠组织、亚组织中389个细胞类型的9,148个细胞标记物。

9、提供健康和恶性造血基因和基因特征的基因表达谱DE数据库，包含人类和小鼠数据，提供样本间层次关系的交互式树和Kaplan-Meier生存图，用于健康和血液病单细胞转录组分析。

10、展示自动化下载、处理和注释公开scRNA-seq数据集的方法，代表500多个不同研究的300种独特细胞类型和近150K表达谱，提供大规模监督表征，用户可上传数据进行单细胞分析。

11、旨在使单细胞测序数据具有可比性和可重用性，涵盖人类和小鼠数据，提供转录组学数据和单细胞图像访问，用户可通过Web界面轻松搜索、分析和下载数据集。

12、包含36个人类单细胞基因表达数据集，涉及174个细胞组的8910个细胞，提供不同状态细胞基因表达的详细信息，以及热图、箱线图、基因相关矩阵、GO分析和通路注释。

13、发育相关单细胞数据库，包含10个数据集，覆盖18413个单细胞和176个细胞组，分为35个发育阶段，涉及哺乳动物个体发育。

14、用于肾脏单细胞数据集的在线数据库，允许查询基因表达，涵盖健康成人肾脏、排斥肾同种异体移植活检组织、健康成人肾脏组织、肾脏类器官等数据。

15、成年小鼠脑和肺血管和血管周围细胞的单细胞基因表达数据库，主要研究血管生成、血管通透性等细胞和分子机制。

16、Single Cell Expression Atlas数据库

17、探索各种物种基因表达谱的数据库，收录355项研究，涵盖21个物种和超过1000万个细胞，快速了解不同物种单个细胞水平的基因表达模式。

18、肿瘤免疫浸润分析的单细胞数据库，包括28种肿瘤类型、79个数据集、2045746个细胞，涵盖人类和小鼠细胞，包括治疗和未治疗细胞。

19、分析人和小鼠中通路激活特征的单细胞基因表达数据库，基于生物通路或用户定义的通路，识别细胞类型特异性激活通路。

20、使用单细胞RNA测序确定小鼠主要器官细胞类型组成的数据库，详细描述哺乳动物体内各种主要细胞类型和组织细胞亚型，提供单细胞级别的全局视图、标记列表和细胞类型分析。