stitch数据库怎么下载靶点
发布时间:2025-05-25 12:02:43 发布人:远客网络
一、stitch数据库怎么下载靶点
1、进入stitch数据库点击下载靶点即可完成下载。
2、数据库是“按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库”。是一个长期存储在计算机内的、有组织的、可共享的、统一管理的大量数据的集合。数据库是存放数据的仓库。它的存储空间很大,可以存放百万条、千万条、上亿条数据。
3、但是数据库并不是随意地将数据进行存放,是有一定的规则的,否则查询的效率会很低。当今世界是一个充满着数据的互联网世界,充斥着大量的数据。即这个互联网世界就是数据世界。数据的来源有很多,比如出行记录、消费记录、浏览的网页、发送的消息等等。除了文本类型的数据,图像、音乐、声音都是数据。数据库是一个按数据结构来存储和管理数据的计算机软件系统。
二、药学领域的免费数据库
1、TCMSP——中药系统药理学数据库与分析平台
TCMSP是独特的中草药系统药理平台,提供药物、靶标和疾病之间的关系。数据库包括中国药典中的499种中药,29384种成分,3311种靶点,837种相关疾病。信息涵盖活性成分鉴定、化合物与药物目标网络、相关药物靶点疾病的网络等。提供化合物的药代动力学信息,如药物相似性、生物利用度、人体吸收、血脑屏障穿透、肠上皮通透性等参数,帮助选择具有良好药物特性的化合物进行深入研究。
TCMID提供中药复方、草药、草药化合物、疾病和西药的信息,通过集成数据库和文本挖掘构建。中药复方、草药和成分信息由文本挖掘收集和整合,疾病及其相关基因信息来自DrugBank和OMIM。提供全面的中药研究数据,支持深入的草药分子机制分析。
这是目前最大的非商业性中医药数据库,包含352种不同草药、动物产品和矿物质的成分,共有37170种中药化合物。用户可按化学名称、中药名称、分子性质和分子结构等标准检索。
4、CancerHSP——系统药理学抗癌草药数据库
CancerHSP包含2439种抗癌中草药和3575种抗癌成分,提供每种成分的分子结构与9个重要ADME参数信息,以及492种不同肿瘤细胞系的化合物抗癌活性数据。预测或文献收集832个化合物的靶标,有助于抗癌天然产物的分子机制研究和抗癌药物开发。
NPACT是一个人工注释的植物衍生化合物数据库,收集了1574个具有抗癌活性的植物化合物,针对353个癌细胞系和284个癌症相关蛋白靶点,提供化合物结构、性质、癌症类型、细胞系、抑制值、分子靶标、商业供应商和药物相似性信息。
6、Natural Product Activity and Species Source/ NPASS
NPASS数据库提供了天然产物的物种来源和生物活性信息,收录了35032种化合物,来自25041个物种,包括植物、细菌、后生动物、真菌等。数据库包含5863个靶标,其中2946个为蛋白靶标,涵盖多种生物活性类型。
TCM-Mesh数据库包含草药、化合物、基因、疾病、基因与疾病相互作用、基因互作信息、副反应和毒性记录,提供中药的分子机制研究支持。
CHMIS-C是抗肿瘤草药配方和成分数据库,收录了200多种抗肿瘤草药配方、900种成分、8500种有机小分子,集成的web搜索工具提高数据挖掘效率。
1、TTD——Therapeutic Target Database
TTD数据库提供药物与靶标的相关信息,包括与靶标直接相互作用的蛋白、专利和文献中的专利治疗药物及其靶标、COVID-19候选药物信息。
DrugBank提供西药分子及其机制的全面信息,包括化学、药理、ADME、相互作用和靶标信息。包含10971种药物和4900个蛋白质靶标,是中药靶点预测和阳性对照的重要资源。
ChEMBL是一个生物活性数据库,收集文献中靶点及化合物的数据,为药物化学家提供查询靶点或化合物生物活性的平台。包含近200万个化合物和13万个靶标,数据可靠且可溯源。
4、CVDSP——心血管疾病系统药理学数据库
CVDSP数据库提供心血管药理学信息,包含254种心血管药物、206种心血管治疗靶标、268个心血管疾病基因、98种心血管症状,支持药物-靶标、基因-疾病和靶标-基因关系网络的探索。
PreDC数据库包含1571种已知药物组合,从DCDB、TTD和文献收集,以及8686个高可信度预测药物组合,支持药物组合的预测和实验验证。
PharmMapper是一个在线平台,使用药效团映射方法识别潜在靶标,支持已知探针小分子的靶标识别,具有高通量能力。
PDTD数据库包含超过1100个蛋白条目,覆盖830种已知或潜在药物靶标,包括蛋白和活性位点结构、相关疾病、生物学功能和信号调控通路信息。
STITCH数据库包含43万个小分子与9643763个蛋白之间的相互作用,提供相互作用的概率或结合亲和力评分,支持化合物靶标预测。
SciFinder是化学文摘服务社自主研发的数据库,包含药物化学成分、结构和相关文献专利信息。
Pubchem是有机小分子生物活性数据库,由NIH支持,包含3个子数据库:BioAssay、Compound、Substance,用于存储生化实验数据、化合物化学结构和原始数据。
MMDB是一个三维生物分子结构数据库,基于X射线晶体衍射和NMR色谱分析,提供生物分子的三维结构信息。
UniProt是整合蛋白序列、功能信息、研究论文索引的数据库,由多个资源整合而成,包括高质量的手工注释数据库Swiss-Prot和自动翻译的数据库TrEMBL。