Ensembl数据库

一、Ensembl数据库

1、Ensembl官网:

2、Ensembl官网定义: Ensembl是一个脊椎动物基因组的基因组浏览器，支持比较基因组的研究，进化，序列变异和转录调控。Ensembl可以注释基因，计算多重比对，预测调节功能和收集疾病数据。Ensembl工具集合包括BLAST、BLAT、BioMart和变异效应预测器(VEP)。

3、Ensembl数据库涵盖物种包括Human、Mouse、Zebrafish等模式动物。

4、Ensembl的Human数据库包含多个模块供搜索，如Gene、Transcript、Variant、Phenotype、Stuctural Variation等。

5、通过点击“Download DNA sequence”可获取GRCh38(Human)的基因序列文件。

6、点击“Download GTF or GFF3”可获取GRCh38(Human)的基因注释文件。

7、下载的文件一般以.primary_assembly.fa.gz结尾，代表FASTA格式压缩文件；以.chr.gtf.gz结尾，代表GTF文件，.gz代表文件以gzip格式压缩。

8、综上，从Ensembl下载了Human的参考基因组序列文件(fasta)及对应的基因组注释文件(gtf)。这些文件可以配合比对软件进行序列比对。

二、解析Ensembl 的数据库服务器(图文详解)

1、在生物信息学的学习中，Ensembl是不可或缺的工具，我们通常通过网页访问它，如 uswest.ensembl.org/index.html，这个界面就像在线商店的展示，而其背后的数据存储则隐藏在数据库服务器中，对我们的研究至关重要。

2、Ensembl的数据仓库由四个服务器地址支撑，提供匿名访问权限，这使得我们在数据库层面的操作更为灵活，能够获取更详细的信息。Ensembl依赖 MySQL和 MariaDB这两大数据库管理系统，它们的起源和关系略有渊源：MySQL由麦克尔·维德纽斯开发，后被 Oracle收购，社区成员为避免版权风险，创立了 MariaDB。

3、要连接 Ensembl的数据库服务器，可以使用 Navicat工具，选择 MySQL连接，填写适当的服务器地址以优化访问速度。例如，连接到人类 hg38基因组的 Ensembl 104版本架构数据库，其名称遵循特定格式。

4、Ensemble的核心数据库，如 Core数据库，采用了星型、雪花型和星系型等多种维度模型来组织数据。星型模型是最基础的，由事实表和维度表构成，如基因信息表（gene）、等位基因表（alt_allele）和基因属性表（gene_attrib）。雪花型模型通过细分维度表，增加了信息维度，而星系型则涉及多个事实表共享维度表，Ensembl实际上采用了星系型来保证数据的全面性和清晰性。

5、对于生信分析师，理解这些模型有助于更高效地检索和利用 Ensembl数据。深入学习更多生信数据库知识，可以访问 zhenglei.blog.csdn.net获取更新内容。

三、常用网站介绍|基因宝库之Ensembl篇

1、Ensembl，作为由欧洲生物信息学研究所和桑格研究院合作开发的基因宝库，为比较基因组学等领域的研究提供了强大支持。本文将重点讲解如何在Ensembl网站上针对脊椎动物寻找基因序列和使用BLAST功能。首先，登录Ensembl官网，你会看到主要工具如BioMart（RNA ID转换）、BLAST/BLAT（序列比对）和VEP（变异效果预测）等。

2、在首页，你可以通过检索框选择目标物种，输入基因名称进行搜索。例如，搜索"人TP53"，找到相关基因后，点击进入详情页查看基因信息和序列。在左侧菜单栏选择"Sequence"，下载所需的基因序列。对于BLAST，点击"BLAST/BLAT"，输入序列后选择目标物种和数据库，运行比对，查看详细结果。

3、Ensembl的脊椎动物网站操作方法适用于其他物种，下文将介绍转录因子数据库JASPAR和PROMO。对于基因调控技术问题，汉恒工具始终提供专业咨询。如果你对这些内容感兴趣，记得关注后续更新。