pfam：蛋白结构域预测

一、pfam:蛋白结构域预测

Pfam数据库汇聚了众多蛋白质家族，每个家族都由多个序列比对和隐马尔可夫模型（HMMs）构成，用户可通过hmmsearch软件进行比对搜索。

interproscan基因注释软件支持多个数据库的注释，其中包括Pfam数据库的注释进行在线分析。

选择上传蛋白序列，限制数量不超过100条

点击所需查看的结构，即可查看详细信息或下载gff文件进行进一步分析

点击Download-> Pfam，下载数据库（285M）

准备使用hmmsearch软件，也可下载interproscan软件

解压后，可看到Pfam-A.hmm的格式

参考：苏点点：基于Pfam中hmm结构的基因家族分析

如何预测蛋白质保守结构域？-InterPro在线工具使用详解-组学大讲堂问答社区

二、请教Pfam数据库的搜索结果

1、您好，我在别的网站也看到你提的问题，现在解答如下：

2、Pfam-A是手工编辑、多重比对形式的蛋白质家族集合。

3、Pfam-B是从ProDom数据库自动产生的，Pfam-B的数据质量、注释的完全程度都不如Pfam-A，但是Pfam-B可以作为一个有用的补充。

4、如果我的回答没能帮助您，请继续追问。

5、你的采纳是我前进的动力。记得好评和采纳，答题不易，互相帮助。