tcga数据库样本哪些是肿瘤哪些是正常

一、tcga数据库样本哪些是肿瘤哪些是正常

1、答案就在TCGAbarcode，样本标签描述了样本类型，是正常的还是异常的。还是对照组。比如胶质瘤RNAseq的barcode，有174个样本类似于这个：

2、第四个字段：11A和01B描述的就是样本类型，1-9是肿瘤，10-19是正常，20-29是对照。A和B我也不知道啥意思。由于TCGAbarcode字段宽度是严格的。因此用substr就可提取

3、a=as.numeric(substr(names,14,15))

4、可以看见数据中有5个是正常组织样本

5、Xena网站（网页链接)有整理好的TCGA数据，包括数据集和样本表格。样本表格数据详细，包含生存期，肿瘤分期分级，突变，亚型等等。

二、TCGA数据库

1、TCGA数据库是美国癌症和肿瘤基因图谱项目，以下是对其的详细介绍：

2、主要内容和目的：通过大规模基因组测序，为癌症研究提供海量数据，涵盖了超过一万的样本和三十多种癌症类型。

3、临床随访信息：包括一百多项指标，如年龄、性别、TNM分期和生存期等，这些信息以XML格式存储，需要手动处理。

4、样本编码规则：每个样本都有独特的TCGA ID，用于跨数据库搜索患者信息。样本编码规则包括组织部位、组分、分子类型、孔板顺序和检测中心等。

5、总结：TCGA数据库是一个宝贵的癌症研究资源，为科研人员提供了大量珍贵的癌症基因组和临床信息，有助于深入理解和研究癌症的发病机制、诊断和治疗策略。

三、如何快速掌握tcga数据库

要快速掌握TCGA数据库，可以采取以下两个主要方法：

1.使用TCGA Data Portal进行数据探索基于web的平台：TCGA Data Portal是一个用户友好的在线平台，无需编写复杂的代码。简单界面操作：通过简单的界面操作，用户可以轻松获取所需的基因表达、临床数据等信息。适合初学者：这种方式对于初学者来说非常便捷，可以快速上手并熟悉TCGA数据库的结构和数据类型。

2.学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》中文教材入门读物：这本书内容浅显易懂，适合初学者，能帮助读者快速掌握R语言和Bioconductor的基本操作。利用R语言分析数据：学习R语言和Bioconductor，使读者能够更高效地利用TCGA数据库进行数据分析。实践建议：在理解基础概念后，尝试利用学到的知识进行实际操作和分析数据，以加深对TCGA数据库的理解和应用能力。

通过以上两种方法，结合实践中的学习和操作，可以更快地掌握TCGA数据库的使用和数据分析能力。