分析miRNA的数据库都有哪些

一、分析miRNA的数据库都有哪些

一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。

是著名的MemorialSloan-Kettering癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。

EMBL-EBI的Enright实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。

microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。

二、mir3数据库都是什么作用

Mir3数据库的主要作用是存储和管理生物信息学数据，特别是与基因表达和调控相关的数据。

Mir3数据库是专门用于存储microRNA相关信息的数据库。microRNA在生物体中扮演着重要的角色，参与基因表达的调控。Mir3数据库的作用主要表现在以下几个方面：

1.数据存储：Mir3数据库能够存储大量的miRNA相关数据，包括miRNA的序列信息、表达模式、靶基因信息等。这些数据对于理解miRNA在生物体内的功能以及它们如何参与基因调控过程至关重要。

2.数据管理：数据库不仅存储数据，还提供了有效的数据管理功能。这包括数据的查询、检索、分析和比对等，使得科研人员能够更方便地获取和利用这些数据信息。

3.促进科学研究：通过Mir3数据库，生物信息学领域的科研人员能够更深入地了解miRNA的功能和调控机制。这对于疾病研究、药物研发以及农业生物技术等领域的进展具有重要意义。

4.数据共享与交流：数据库还为科研人员提供了一个数据共享和交流的平台。通过数据库，科研人员可以方便地分享自己的研究成果，也可以借鉴他人的研究成果，从而推动该领域的快速发展。

总之，Mir3数据库在生物信息学领域具有重要的作用，它为广大科研人员提供了一个便捷、高效的数据存储、管理和交流的平台，极大地推动了miRNA相关研究的进展。

三、mirnet数据库用法

1、MIRNet数据库是一个面向研究音乐信息检索（MIR）的免费数据库。

2、收集了来自世界各地的音乐文件，其中包括不同类型的声音记录，如音乐，人声，乐器，混合音频，而且每个文件都具有复杂的音乐结构。

3、MIRNet数据库提供了一系列工具，可以帮助研究者从中提取有用的信息，比如声音信号，音乐排列，音乐和音乐特征，以及其他特征。