NCBI丨Uniprot数据库下载已知家族成员

一、NCBI|Uniprot数据库下载已知家族成员

1、要从NCBI和Uniprot数据库下载已知家族成员，首先，访问ncbi.nlm.nih.gov，选择gene数据库。在搜索框中输入家族名称，如DNA(cytosine-5)-methyltransferase，确保关键词准确。推荐使用模式物种如水稻、拟南芥、果蝇等进行定向检索。例如，选择拟南芥，进入筛选页面后，点击Protein-coding，然后选择具体物种。

2、以DME为例，点击搜索结果后，选择Protein链接下载蛋白序列。在新的页面中，选择最长的蛋白序列，然后点击Send to并选择FASTA格式输出序列。

3、Uniprot数据库同样提供家族成员下载服务，它是全球最全面的蛋白质数据库，整合了Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD的数据。其数据主要来自基因组测序项目和文献。访问uniprot.org，输入家族名并搜索。在搜索结果界面，根据Review状态（人工注释的高可靠性）和Unreviewed（自动化注释）进行筛选。选中目标成员后，点击Download下载相应的序列信息。

二、如何从ncbi下载数据

1、访问网址 Entrez Molecular Sequence Database System，即NCBI的数据库检索系统，覆盖多个数据库，包括genome、nucleotide、protein、3D structure和PubMed等。其中，核酸数据库包含GenBank、EMBL、DDBJ，而蛋白数据库则包括Swiss-Prot、PIR、PFR、PDB以及编码区翻译的蛋白质序列。

2、欲下载基因组，可参考以下步骤：登录NCBI网站，选择对应数据库，如nucleotide，上传包含序列id的文件，如Nucleotide.txt，点击Retrieve后，系统将显示匹配情况。对于Janibacter melonis strain M714的完整染色体基因组，上传Nucleotide.txt，点击Retrieve，搜索到5条匹配结果，下载即可。

3、蛋白质序列下载同上，只需选择protein数据库并上传文件。组装序列下载则选择Assembly数据库并上传文件。操作简便，步骤一致，只需按照指引完成文件上传和检索。

4、通过Entrez系统，用户能够高效地下载NCBI上的各种生物序列数据，为科研、教学等提供了便利。

三、国际著名的三大蛋白质数据库

国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。

蛋白组学常用数据库UniProt（全称UniProt Protein Resource），建立于1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的，其信息量丰富、资源广泛，是目前公认的首选免费蛋白质数据库。

2、The Human Protein Atlas数据库

The Human Protein Atlas内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息，并提供免费查询。

瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术，检查每一种蛋白质在人类48种正常组织，20种肿瘤组织，47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达，其结果用至少576张免疫组化染色图表示，并经专业人员校对和标引，保证染色结果具有充分的代表性。

PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库，总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。

该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用，同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。

蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月，动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。

分子结构特征描述采用汉语，同时提供英文原文以供考证。对于善于使用英文的读者，我们提倡直接访问RCSB PDB，一来可以减少网络拥挤，二来可以减少由于HPDB的翻译不妥带来的不便。

蛋白质数据库（HPDB）对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译（最新加入数据库的分子除外），内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库，因此HPDB支持中文查询。

蛋白质数据库（HPDB）虽然翻译了“分子结构说明”部分，但为了保证数据的可靠性和准确性，HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动，数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件，并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。