国际著名的三大蛋白质数据库

一、国际著名的三大蛋白质数据库

国际著名的三大蛋白质数据库有UniProt数据库、The Human Protein Atlas数据库、PhosphoSitePlus数据库。

蛋白组学常用数据库UniProt（全称UniProt Protein Resource），建立于1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白质数据库联合成立的，其信息量丰富、资源广泛，是目前公认的首选免费蛋白质数据库。

2、The Human Protein Atlas数据库

The Human Protein Atlas内含近30000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息，并提供免费查询。

瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术，检查每一种蛋白质在人类48种正常组织，20种肿瘤组织，47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达，其结果用至少576张免疫组化染色图表示，并经专业人员校对和标引，保证染色结果具有充分的代表性。

PhosphoSitePlus数据库是一个由CST和NIH联合开发的免费资源数据库，总结归纳了海量通过科学研究发现的蛋白修饰位点，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，并且包括一些CST公司发现但未发表的蛋白修饰位点。

该数据库是动态的、开放的、高度互动并持续更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理细胞/组织中的作用，同时它也是发现新的疾病标志物和药物靶点的有力工具。

蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月，动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于教学或科研。服务对象是能够熟练使用中文的生命科学、医学、药学、农学、林学等领域的大中专学生、教师及科技工作者。

分子结构特征描述采用汉语，同时提供英文原文以供考证。对于善于使用英文的读者，我们提倡直接访问RCSB PDB，一来可以减少网络拥挤，二来可以减少由于HPDB的翻译不妥带来的不便。

蛋白质数据库（HPDB）对每个蛋白质分子结构说明部分做了中文翻译（最新加入数据库的分子除外），内容包括分子结构定性描述、样品的来源、表达载体、宿主、化学分析方法、分子结构组成成分等。这些信息并同蛋白质分子结构数据存储于数据库，因此HPDB支持中文查询。

蛋白质数据库（HPDB）虽然翻译了“分子结构说明”部分，但为了保证数据的可靠性和准确性，HPDB对一级结构序列及大分子结构坐标数据等未做任何改动，数据库保持RCSB PDB核实后的原始实验数据文件，并保持PDB文件格式和蛋白质分子编号。

二、肿瘤相关数据库介绍

肿瘤是医学领域的一大难题，深入理解肿瘤的基因特征和预后情况对于疾病的预防、诊断和治疗至关重要。本文将介绍几个关键的肿瘤相关数据库，帮助研究人员和临床医生获取宝贵信息。

首先，Cancer Today数据库（gco.iarc.fr/today/home）提供了全球肿瘤的发病率和死亡率排名。通过点击“Multi bars”功能，用户可以直观地查看各类肿瘤的情况。以乳腺癌为例，它在全球范围内发病率位居首位；而肺癌的死亡率则在全球排名第一。

接下来，Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库（cancerrxgene.org/）为药物敏感性研究提供了强大的支持。以Doxorubicin为例，用户可以获取其IC50值及其分布情况，从而了解不同药物对肿瘤的潜在影响。

Lnc2Cancer v2.0（biobigdata.net/lnc2canc...）专为研究长链非编码RNA（lncRNA）而设。数据库显示lncRNA在特定肿瘤中的研究情况、验证情况、测序数据等。点击任意lncRNA，用户可以看到详细信息，包括名称、肿瘤类型、表达模式、是否与药物耐药性相关、是否在循环中出现以及是否能够预测预后。

MEXPRESS数据库（mexpress.be/）探索了基因甲基化、表达与临床表型之间的关联。用户只需在左侧输入基因并选择特定癌症类型，即可进行分析。

OncoKB（oncokb.org/）是由MSK癌症中心维护的精准医疗肿瘤数据库，提供基于证据的somatic突变和结构突变信息，助力治疗决策。以STAT3为例，用户可以查看其在多种癌症中的突变情况和位点分布。

GEPIA数据库（gepia.cancer-pku.cn/）允许用户分析特定基因在肿瘤中的表达，提供生存曲线和基因相关性分析。以HMGA1在胃癌中的表达为例，用户可以直观地看到该基因的表达差异，并评估其与患者生存的关系。

Ualcan数据库（ualcan.path.uab.edu/ind...）从TCGA分析和CPTAC分析两方面提供基因信息。例如，ACE2在子宫内膜癌的表达情况，用户可以查看其在不同样本中的变化，并根据患者特征进行分析。

GCBI数据库（gcbi.com.cn/gclib/html/...）不仅查找文献，还允许用户对基因进行分析，如基因雷达。通过单基因或多基因搜索，用户可以获得涉及多种疾病的基因信息、调控网络等。

CanSAR数据库（cansarblack.icr.ac.uk/）提供了基因与已批准药物、基因蛋白结构、细胞系等之间的关联信息。以EGFR为例，用户可以查看针对该基因的抑制剂、生物活性、相关通路和涉及的癌症类型。

The human protein atlas（proteinatlas.org/）从组织、细胞、病理、脑、血液等方面分析基因表达。以ABCD3为例，用户可以查看其在多种组织和细胞中的分布情况，以及在不同病理条件下的作用。

使用这些数据库，研究者可以高效获取肿瘤相关基因和药物敏感性等信息，为肿瘤的精准医疗提供科学依据。通过实验验证，这些数据将为临床决策和新药研发带来显著价值。请注意，本文提供的链接为示例，实际使用时可能需要访问特定平台以获取最新数据。

三、HPA蛋白数据库数据库简介

HPA蛋白数据库：一幅详细的人类蛋白质全景

自2000年启动以来，人类蛋白质图谱（Human Protein Atlas, HPA）项目致力于绘制人体细胞、组织和器官中蛋白质的详尽地图。该项目于2003年转为学术研究，采用多种技术，如抗体成像、蛋白质组学、转录组学和系统生物学，所有数据均对外开放。自2005年首个版本发布后，HPA持续更新至最新版本23，于2023年更新，涵盖了全球多个合作机构的成果。

HPA数据库分为12个部分，其中一个示例是Tissue Section，它展示了丰富的功能。通过多重组织分析，研究人员可以深入研究特定细胞类型和状态的蛋白质分布，如在睾丸生殖细胞发育中的蛋白质表达。在23.0版本中，已有742种蛋白质通过这种方法得到分析，揭示了精原细胞等不同细胞类型的蛋白质特征。此外，数据库还提供了全面的组织和器官蛋白组信息，包括那些组织特异性表达的蛋白质，以及癌症中基因表达的详细数据，如肺癌相关基因的表达水平和生存曲线。

自项目成立以来，HPA已经揭示了众多关键发现，包括39个里程碑事件。LEARN板块包含丰富的资源，如字典、蛋白类别和方法指南，而DATA板块则提供了数据下载的详细信息。

总的来说，HPA是一个极其宝贵的资源，它整合了基因表达的丰富信息，对学习和研究具有极高价值。无论是探索特定基因的表达模式还是理解组织结构的蛋白质分布，这个数据库都值得深入探索和利用。