GEO数据库为什么是RNA

一、GEO数据库为什么是RNA

1、因为GEO是基因表达综合数据库，RNA是实现遗传信息在蛋白质中的表达。

2、从GEO数据库获取GSE79973数据集，该数据集包含胃癌疾病与正常样本的表达谱数据，筛选出其中差异表达的lncRNA。

3、下载GSE62254和GSE15459数据集以及对应的临床数据，通过GSE62254数据集来构建一个临床预测模型，识别出与预后显著相关的lncRNA，通过GSE15459数据集对模型进行验证。

4、进一步的通过多因素分析来研究ACJJ分期、性别、年龄和样本的风险分数与临床预后的关系。最后通过ssGSEA来发现样本的高低风险组之间通路富集的差异情况。

二、GEO数据库基本信息

1、GEO数据库，作为全球基因表达数据的权威存储库，由NCBI创建并维护，网址为ncbi.nlm.nih.gov/geo。它收录了来自全球科研人员的多种高通量基因表达数据，包括微阵列芯片、二代测序等，所有数据均可以免费获取。

2、GEO的数据组织结构清晰，分为两个子数据库：GEO DataSets以实验数据集为单位，记录一个实验的所有信息；而GEO Profiles则按基因表达谱进行存储，每个基因在数据集中的表现都可查找。数据以五级分类：Platforms（以GPL开头，如GPL570，代表实验平台）、Series（GSE开头，如GSE5764，代表完整的实验方案）、Datasets和Profiles（GDS和流水号，如33759453，代表整理后的数据）、以及Samples（GSM开头，如GSM134584，代表实验样本）。并非所有上传数据都会被整理，只有经过官方评估的才会成为GDS或Profiles。

3、GEO提供丰富的数据类型，包括基因表达、非编码RNA表达、基因组甲基化、变异和单核苷酸多态性数据，以及蛋白微阵列芯片和高通量测序数据（高通量测序原始数据存于SRA，处理后的数据在GSE）。在GEO首页，用户可以根据数据类型和组织结构进行查找，数据可通过网站或FTP下载。使用GEO数据进行研究时，别忘了引用其相关文献。

三、Geodatabse空间数据库模型的特点是什么

1、空间参考。Geodatabse在要素类和数据集中对空间参考信息进行了完整的定义。

2、表定义。Geodatabse空间几何数据与属性数据保存在同一个表（要素类）中。

3、拓扑规则。Geodatabse的拓扑关系管理机制在以下几个方面有明显的优势：

1）用户可以自行定义哪些要素类将手拓扑关系规则约束。

2）多个点、线、面要素类（层）可以同时受同一组拓扑关系规则约束。

3）提供了大量的拓扑关系规则。

4）用户为自己的数据可以自行指定必要的拓扑关系约束规则。

5）拓扑关系及规则是在符合工业标准的DMBS（数据管理系统）中进行的，可以多用户并发处理。

6）用户可以局部建立或检查拓扑关系，以提高生产率。

4、可以表达复杂的地理要素（如，河流网络、电线杆等）。