哪里有circRNA(环状RNA)数据库资源

一、哪里有circRNA(环状RNA)数据库资源

随着对circRNA研究的越来越多，已知的circRNA数据信息在快速增长，在这里我们肽度时界（timedoo）整理了当前circRNA相关的数据库列表，希望能帮到您：

1.circBase[1]，是一个通过收集和整合已经发布的circRNA数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circRNA信息：人(hg19)、小鼠(mm9)、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇(dm3)、矛尾鱼(latCha1)、腔棘鱼(latCha1)。该数据库最新版本发布时间为2014年1月。网址：。通过在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID号或基因组区域位置信息，可以快速查询相关circRNA信息；研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置，筛选自己所需要的circRNA数据。

2.circRNABase[2],该数据库通过整合已发表的circRNA数据，构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白（RBP)的互作网络。最新版本发布时间：2013年12月。网址：

3.Circ2Traits[3]，是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circRNA数据库。该数据库通过预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系，构建了相互作用网络,并对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因进行了GO富集分析；此外，将与疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上，并鉴定了环状RNAs上的Ago相互作用位点。最新版本发布时间：2013年12月。网址：

4.circNet[4]，利用464个RNA-seq测序数据，进行新circRNA预测及基因组注释，并计算已知的及新预测的circRNA表达情况，构建circRNA-miRNA-genet调控网络，以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间：2015年12月。网址：

5.deepBase v2.0[5]平台,该数据平台收集了大约15万多的circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了最全面的circRNA的表达图谱。最新版本发布时间：2015年10月网址：

6.CircInteractome[6]该数据库预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点，并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。最新版本发布时间：2015年12月网址：

你也可以上肽度时界（timedoo）查看circRNA（环状RNA）学术解读资料。

二、23个circRNA数据库一次全丢给你

在探索circRNA领域的研究中，信息的缺乏曾是挑战。为了帮助大家更好地理解和研究circRNA，这里有23个关键的数据库资源供您参考，它们涵盖了不同物种、功能和特性，便于您深入挖掘和利用这些宝贵的工具。

1. circBase:提供多物种circRNA信息，包括人类、小鼠、秀丽线虫等，支持序列搜索和多种检索方式，导出数据方便。

2. CircNet:专注于人类，鉴定circRNA并构建了circRNA-miRNA-mRNA网络，适合系统分析。

3. CircInteractome:集成多种RNA结合蛋白数据，预测miRNA-circRNA结合，对新手友好。

4. CIRCpedia:收集多种样本，提供详细的环状RNA信息和表达模式展示。

5. cRNADb:首个编码蛋白的人类环状RNA数据库，包含详细单个circRNA记录。

6. deepBase:中山大学的数据库，注释和鉴定多种RNA类型，支持组织和表达分析。

7. circBank:整理并分析circBase数据，提供蛋白编码潜能和miRNA相互作用分析。

8. circRNA Disease:专门收集circRNA与疾病关联的研究，便于疾病研究。

9. circR2Disease:提供疾病相关环状RNA的表达趋势和文献信息。

10. MiOncoCirc:与临床癌症样本紧密相关，包含丰富的癌症类型circRNA数据。

11. cir2traits:关注与人类疾病相关的circRNA，包括mirnas和蛋白质相互作用。

12. LncRNA Desease 2.0:涵盖多种ncRNA与疾病的关联，提供调节关系分析。

13. CSCD数据库:筛选肿瘤特异性的circRNA，提供详细结构和表达数据。

14. CircFunBase:专注于circleRNA的功能介绍，基于实验数据提供表达调控信息。

15. CircAtlas:跨物种的circRNA注释和功能预测，整合多个数据库数据。

16. BIOINF:提供circRNA引物设计和分析工具，支持多种操作。

17. circlncRNAnet:侧重于肿瘤研究，提供TCGA芯片数据分析和自定义功能。

18. TSCD:研究组织特异性circRNA，用于器官发生和疾病研究。

19. TRCirc:涵盖大量细胞类型，研究转录调控机制。

20. circRNADb:人类circRNA的综合数据库，包含注释和序列信息。

21. exoRBase:外泌体环状RNA数据库，提供血清样本的RNA-seq数据。

22. MiOncoCirc:临床癌症样本中心的circRNA资源，包括罕见癌症类型。

23. circRNABase:中山大学杨建华团队开发，专注于miRNA-circRNA相互作用分析。

三、circBase 数据库:专注研究环状RNA

1、在RNA领域，环状RNA（circRNA）作为非编码分子的新研究焦点，其独特的环状结构使其稳定且不易降解，自2010年RNA-seq技术进步及配套计算工具的出现后，circRNA研究日益升温。circRNA的主要类型包括富含microRNA结合位点的分子，它们在细胞内作为miRNA海绵，调节基因表达，通过与疾病相关miRNA的相互作用，对疾病调控起到关键作用。对于深入研究，circBase数据库，circbase.org，扮演着重要角色。

2、cirBase是一个综合性的circRNA数据库，收录了多种物种的circRNA信息，其find_circ软件能预测去核糖体文库中的circRNA。该数据库功能强大，支持单个环状RNA或列表形式的搜索，并允许用户下载全部环状RNA到本地服务器进行定制分析。通过首页的搜索功能，用户可以输入circBase标识符、refseq转录本ID、基因名称或基因组坐标进行搜索，查询结果详尽，包括物种信息、位置、长度、样本数据等，并可导出。

3、点击position genome browser link，用户可以查看详细序列信息，如DNA正负链、剪切长度等，并能下载序列。对于多个circRNA的研究，list search功能允许用户一次性输入多个RNA，选择合适的长度和样品支持，便于后续实验验证。在table browser模块，用户可以根据各种条件灵活筛选，而blat功能则支持序列对比，探究物种间的保守性。

4、对于大规模研究，species序列下载功能提供了全物种的circRNA序列，为组学研究提供了全面支持。总的来说，circBase数据库是研究circRNA的理想工具，对于任何关注这一领域的研究者来说，它是必不可少的资源。