KEGG数据库

一、KEGG数据库

1、KEGG，这个集成了基因组、化学和系统功能的综合数据库，独特之处在于它将基因组数据与细胞、物种和生态系统水平的系统功能紧密关联，通过图形化的形式呈现复杂的代谢途径及其相互关系，为研究者提供了直观全面的了解途径。KEGG起源于1995年的Kanehisa Laboratories，至今已发展为包含KEGG PATHWAY和KEGG ORTHOLOGY等核心部分的数据库。

2、KEGG ORTHOLOGY以执行相同功能的基因聚类为特点，称为Ortholog Groups（KO），每个KO包含多个基因，并在多个途径中发挥作用。PATHWAY数据库则分为六大类：细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、人类疾病、新陈代谢和生物体系统，层层细分，如第二层有43种子途径，第三层为详细图解，第四层提供详细注释。

3、在KEGG的代谢通路图中，酶通常用方框表示，内有EC编号，代谢物则用小圆圈标记，点击可查看化合物编号。通路图区分两种类型：白色小框的reference pathway概括性强，如map00010，而绿色小框species-specific pathway则针对特定物种，如酵母的sce00010，这些绿色框包含更详细的信息。KEGG的富集分析会统计物种特定的代谢变化，上调的用红色边框标识，下调的用绿色边框标识，以便于研究者解读。

二、善用KEGG数据库挖掘目的基因

1、KEGG数据库是一个综合性生物信息学资源，包含基因组、代谢途径、疾病和药物等信息，旨在帮助研究人员理解生物系统的功能和组成。数据库内设多个子库，包括基因组数据库、代谢途径数据库、疾病数据库、药物数据库等。KEGG还提供KEGG Pathway、KEGG BRITE、KEGG Orthology等工具，用于生物信息学分析和研究。

2、在KEGG官网，用户可通过搜索框、简介与引用、KEGG子库列表和分析工具等功能进行探索。其中，KEGG PATHWAY部分是重点，包含代谢途径、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、有机系统、人类疾病、药物开发等七大分类，每个分类下又有多个子类。

3、KEGG通路由五位数字标识，后跟map、ko、ec、rn和生物代码等，代表通路类型。KEGG数据库内的通路不是孤立的，而是相互联系的，通路之间往往有重叠或交错的关系。在转录组、表观组研究中，通常关注map编号和ko编号。

4、KEGG数据库的富集分析结果文件包括KEGG注释结果和富集分析结果。KEGG注释结果文件根据基因比对数据库后的K号提供相关通路信息。富集分析结果文件显示了富集实验中注释到的基因、基因比例、背景基因比例、P值、校正后的P值、Q值以及基因名称和数量等信息。

5、在分析结果可视化方面，KEGG数据库提供了丰富的图示，如KEGG通路图和富集分析图等。爱基百客云平台可以实现无代码完成富集分析结果的可视化，方便用户理解和使用。对于希望深入了解KEGG数据库和分析方法的用户，可以参考相关教程，如“富集分析不求人，零代码可视化GO/KEGG分析结果”。

三、kegg如何查找乳酸菌通路

1.打开KEGG数据库后，您将看到一个界面，在此界面中，请点击“KEGG PATHWAY”。

2.在该页面中，一级分类路径，即红框标注的“Metabolism”等类别，以及蓝框所示的二级分类路径均会被列出。例如，点击“Metabolism”后，二级分类路径便会显示出来。若您要查找与细胞凋亡相关的通路，应关注“Cellular Processes”这一分类。

3.选择“Cellular Processes”后，页面将自动跳转至该分类下的二级路径。在这里，您可以看到更详细的通路分类，并且能够找到与乳酸菌相关的信息。

以上就是使用KEGG查找乳酸菌通路的方法。