circbase数据库怎么用

一、circbase数据库怎么用

1、要使用circbase数据库，首先需要访问国泰安官网。在首页的数据服务中心中，您可以找到获取数据库的方法。通常，建议直接点击您所需的数据库名称，这样可以跳转到相应的页面。一旦进入特定数据库的页面，例如交易数据库的新页面，您将看到多个分类供选择。为了开始提取数据，可以选择一个下级分类，例如“日数据”。接下来，需要指定具体的股票代码，这可以通过输入或从下拉菜单中选择来完成。

2、确定了股票代码之后，接下来是设定数据的时间区间。这通常可以通过页面上的日期选择器来完成。在完成这些设置后，可以勾选所需的字段。页面上方通常会有说明，帮助您了解哪些字段是必须的。之后，选择适合的文件格式，以便将数据导出。最后，点击下载按钮，就可以将数据库文件保存到本地。

3、整个过程中，您可以多次试验，调整参数，直到获得所需的数据。通过不断摸索和实践，您将能够熟练掌握如何使用circbase数据库。记得在下载和处理数据时，遵守相关的版权和使用条款。

4、值得注意的是，circbase数据库是一个强大的工具，能够提供各种交易数据。熟练使用它，可以帮助您更好地分析市场趋势，做出更明智的投资决策。如果您在使用过程中遇到任何问题，国泰安官网通常会提供技术支持和帮助，您可以随时联系他们获取进一步的指导。

二、circBase 数据库:专注研究环状RNA

1、在RNA领域，环状RNA（circRNA）作为非编码分子的新研究焦点，其独特的环状结构使其稳定且不易降解，自2010年RNA-seq技术进步及配套计算工具的出现后，circRNA研究日益升温。circRNA的主要类型包括富含microRNA结合位点的分子，它们在细胞内作为miRNA海绵，调节基因表达，通过与疾病相关miRNA的相互作用，对疾病调控起到关键作用。对于深入研究，circBase数据库，circbase.org，扮演着重要角色。

2、cirBase是一个综合性的circRNA数据库，收录了多种物种的circRNA信息，其find_circ软件能预测去核糖体文库中的circRNA。该数据库功能强大，支持单个环状RNA或列表形式的搜索，并允许用户下载全部环状RNA到本地服务器进行定制分析。通过首页的搜索功能，用户可以输入circBase标识符、refseq转录本ID、基因名称或基因组坐标进行搜索，查询结果详尽，包括物种信息、位置、长度、样本数据等，并可导出。

3、点击position genome browser link，用户可以查看详细序列信息，如DNA正负链、剪切长度等，并能下载序列。对于多个circRNA的研究，list search功能允许用户一次性输入多个RNA，选择合适的长度和样品支持，便于后续实验验证。在table browser模块，用户可以根据各种条件灵活筛选，而blat功能则支持序列对比，探究物种间的保守性。

4、对于大规模研究，species序列下载功能提供了全物种的circRNA序列，为组学研究提供了全面支持。总的来说，circBase数据库是研究circRNA的理想工具，对于任何关注这一领域的研究者来说，它是必不可少的资源。

三、哪里有circRNA(环状RNA)数据库资源

随着对circRNA研究的越来越多，已知的circRNA数据信息在快速增长，在这里我们肽度时界（timedoo）整理了当前circRNA相关的数据库列表，希望能帮到您：

1.circBase[1]，是一个通过收集和整合已经发布的circRNA数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circRNA信息：人(hg19)、小鼠(mm9)、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇(dm3)、矛尾鱼(latCha1)、腔棘鱼(latCha1)。该数据库最新版本发布时间为2014年1月。网址：。通过在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID号或基因组区域位置信息，可以快速查询相关circRNA信息；研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置，筛选自己所需要的circRNA数据。

2.circRNABase[2],该数据库通过整合已发表的circRNA数据，构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白（RBP)的互作网络。最新版本发布时间：2013年12月。网址：

3.Circ2Traits[3]，是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circRNA数据库。该数据库通过预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系，构建了相互作用网络,并对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因进行了GO富集分析；此外，将与疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上，并鉴定了环状RNAs上的Ago相互作用位点。最新版本发布时间：2013年12月。网址：

4.circNet[4]，利用464个RNA-seq测序数据，进行新circRNA预测及基因组注释，并计算已知的及新预测的circRNA表达情况，构建circRNA-miRNA-genet调控网络，以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间：2015年12月。网址：

5.deepBase v2.0[5]平台,该数据平台收集了大约15万多的circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了最全面的circRNA的表达图谱。最新版本发布时间：2015年10月网址：

6.CircInteractome[6]该数据库预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点，并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。最新版本发布时间：2015年12月网址：

你也可以上肽度时界（timedoo）查看circRNA（环状RNA）学术解读资料。