CellMarker数据库

一、CellMarker数据库

1、CellMarker数据库是科研界重要的资源，由哈尔滨医科大学Yun Xiao等老师在2019年发布。该数据库以核酸研究(Nucleic Acids Research)为平台，整合了超过10万篇文献，涵盖了人类158个组织亚组织的467个细胞类型，以及鼠类81个组织亚组织的389个细胞类型。研究团队精心筛选出13,605个人类Marker基因和9,148个鼠类Marker基因。

2、CellMarker数据库具备强大的功能，提供搜索、浏览和下载服务。研究人员可以通过数据库轻松获取所需细胞标志信息，为细胞定义和分选提供强有力支持。在进行单细胞转录组数据分析时，准确识别细胞亚群至关重要，CellMarker数据库的基因信息为这一过程提供精确的参考。

3、CellMarker数据库的构建，旨在帮助科研人员在细胞学研究中更加准确地识别和分类细胞，从而推进生物医学领域的发展。通过提供详细的细胞标志基因，数据库为科研者在细胞生物学、基因组学等领域的研究提供了宝贵的资源，促进科学创新和医学进步。

4、综上所述，CellMarker数据库是细胞标志研究领域的强大工具。它通过整合海量文献，筛选出关键的细胞标志基因，为科研人员提供直观、精确的信息，支持细胞学研究中的细胞定义和分选工作。随着数据库的不断发展和完善，它将为生物医学研究带来更深远的影响。

二、细胞定位及标志物数据库——CellMarker

1、CellMarker数据库于2019年1月在Nucleic Acids Research期刊发表，收录了158种组织/亚组织的人细胞类型和81种组织/亚组织的鼠细胞类型。数据主要来源于文献和数据库，包括单细胞测序数据和生物实验数据。

2、CellMarker数据库包含丰富的人和鼠细胞类型信息，用户可快速查找细胞和组织的标志物。例如，点击Human的Astrocyte标志物，进入Marker的词云图，可直观了解星形胶质细胞常用的标志物GFAP，并查看其生物学证据。右侧还展示对应标志物的生物学信息。同样，使用Brain RNA-Seq数据库验证GFAP是星形胶质细胞特异性标志物。

3、CellMarker数据库还提供搜索功能，用户可通过点击特定组织、特定细胞进行查询。Cell search展示了搜索结果，并允许在下面的伸缩框中选择组织、细胞进行重新搜索。

4、CellMarker数据库是一个精心构建的人和鼠细胞标志物资源，可帮助研究人员快速定位和了解细胞类型。通过访问biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker，用户可以探索丰富的细胞信息，为科研工作提供支持。

三、19个单细胞测序数据库推荐!

1、存储并提供由世界各地实验室提供的单细胞数据，旨在单细胞水平研究人体，分析不同细胞类型发育和活动的分子机制，以及与疾病相关的生物变化。用户可提供、查找或访问数据，研究不同细胞如何聚集形成组织，以及在不同疾病背景下的生物变化。

2、专注于标准化单细胞数据集，提供从单细胞水平可视化分析RNA-Seq数据的工具，包含120篇免疫相关和182篇非免疫单细胞文献的数据，用户可直接下载BAM文件，探索免疫和非免疫细胞的不同状态。

3、专注于肿瘤细胞不同功能状态的全面解码，提供肿瘤单细胞功能状态的图谱，关联蛋白编码基因、PCG和lncRNA，促进肿瘤机制的理解，提供疾病相关基因在不同细胞中的活性分析。

4、由Broad研究所建立，收录525个研究、31843492个单细胞测序数据，用户可按study和gene进行检索，了解基因在不同细胞类型中的表达情况。

5、包含638个study中的4000万种细胞，覆盖107个组织、细胞系或类器官、158种疾病和20个平台，用于细胞和细胞子集的聚集分析，提供基因表达的可视化，以及在线工具支持单细胞RNA-seq数据的集成、注释和投影。

6、探索小鼠和人类单细胞RNA测序结果分析的数据库，用于细胞分群注释，包含1368个单细胞实验的预处理和预分析结果，涵盖多种组织和器官，超过500万个细胞的分析。

7、提供不同疾病不同细胞类型的基因表达谱分析，记录946481个条目，对应341种细胞类型、29种组织和25种疾病，分析疾病中的异常细胞和正常细胞的差异基因表达谱。

8、为人类和小鼠组织提供各种细胞类型的细胞标记资源，收集158个人体组织、亚组织中467个细胞类型的13,605个细胞标记物和81个小鼠组织、亚组织中389个细胞类型的9,148个细胞标记物。

9、提供健康和恶性造血基因和基因特征的基因表达谱DE数据库，包含人类和小鼠数据，提供样本间层次关系的交互式树和Kaplan-Meier生存图，用于健康和血液病单细胞转录组分析。

10、展示自动化下载、处理和注释公开scRNA-seq数据集的方法，代表500多个不同研究的300种独特细胞类型和近150K表达谱，提供大规模监督表征，用户可上传数据进行单细胞分析。

11、旨在使单细胞测序数据具有可比性和可重用性，涵盖人类和小鼠数据，提供转录组学数据和单细胞图像访问，用户可通过Web界面轻松搜索、分析和下载数据集。

12、包含36个人类单细胞基因表达数据集，涉及174个细胞组的8910个细胞，提供不同状态细胞基因表达的详细信息，以及热图、箱线图、基因相关矩阵、GO分析和通路注释。

13、发育相关单细胞数据库，包含10个数据集，覆盖18413个单细胞和176个细胞组，分为35个发育阶段，涉及哺乳动物个体发育。

14、用于肾脏单细胞数据集的在线数据库，允许查询基因表达，涵盖健康成人肾脏、排斥肾同种异体移植活检组织、健康成人肾脏组织、肾脏类器官等数据。

15、成年小鼠脑和肺血管和血管周围细胞的单细胞基因表达数据库，主要研究血管生成、血管通透性等细胞和分子机制。

16、Single Cell Expression Atlas数据库

17、探索各种物种基因表达谱的数据库，收录355项研究，涵盖21个物种和超过1000万个细胞，快速了解不同物种单个细胞水平的基因表达模式。

18、肿瘤免疫浸润分析的单细胞数据库，包括28种肿瘤类型、79个数据集、2045746个细胞，涵盖人类和小鼠细胞，包括治疗和未治疗细胞。

19、分析人和小鼠中通路激活特征的单细胞基因表达数据库，基于生物通路或用户定义的通路，识别细胞类型特异性激活通路。

20、使用单细胞RNA测序确定小鼠主要器官细胞类型组成的数据库，详细描述哺乳动物体内各种主要细胞类型和组织细胞亚型，提供单细胞级别的全局视图、标记列表和细胞类型分析。