为什么说swiss-prot是重要的蛋白质序列数据库

一、为什么说swiss-prot是重要的蛋白质序列数据库

1、SWISS-PROT是一个详尽的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学中心（EBI）维护，并已合并入UniProt数据库。该数据库旨在为基因组和蛋白质组的研究提供最新且详细的蛋白质氨基酸序列信息。SWISS-PROT中尽可能减少冗余序列，并与多个数据库建立了交叉引用，包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库。这些数据库相互关联，有助于研究人员从多个角度理解和分析蛋白质序列。

2、SWISS-PROT中的蛋白质序列数据源自EMBL核酸序列数据库，并经过仔细检查和准确注释。任何蛋白质序列数据的搜寻和比较都应首先从SWISS-PROT开始。SWISS-PROT的每个序列条目都有自己的格式，旨在实现标准化。为了使格式尽可能标准化，SWISS-PROT的格式与EMBL核酸序列数据库的格式类似。SWISS-PROT涵盖了已知蛋白质的序列、引用文献信息、分类学信息及详细的注释。

3、注释部分包含了丰富的信息，包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其他序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等。利用序列提取系统（SRS），研究人员可以方便地检索SWISS-PROT和EBI的其他数据库。

4、SWISS-PROT仅接受直接测序获得的蛋白质序列，并且序列提交可以在其Web页面上完成。这确保了数据库中所有条目的准确性和可靠性。通过这种方式，SWISS-PROT不仅为研究人员提供了全面的蛋白质序列信息，还提供了详尽的注释，帮助研究人员深入理解蛋白质的功能和特性。

二、SWISS-PROTSwissProt -简介

1、SWISS-PROT是一个由欧洲生物信息学研究所（EBI）维护的蛋白质序列数据库，以注释信息丰富著称。其包含蛋白质序列及其相关条目，包括序列、引用文献、分类学信息和注释等。注释部分详尽介绍了蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级与四级结构、序列相似性、与疾病关联、序列变异体和冲突等关键信息。

2、为了确保数据的准确性与相关性，SWISS-PROT尽力避免冗余序列的重复录入，并与超过30个其他数据库建立了交叉引用，涵盖核酸、蛋白质序列及蛋白质结构等多种类型数据库。这一整合使得研究人员能够方便地通过序列提取系统（SRS）查询SWISS-PROT以及EBI的其他数据库，获取全面的蛋白质信息。

3、SWISS-PROT专为直接测序获得的蛋白质序列提供服务，序列提交过程可以直接通过其Web页面完成。这一专属性确保了数据库中的信息直接来源于可靠的实验数据，为生物信息学研究提供坚实的基础。

4、综上所述，SWISS-PROT作为一个注释详尽、数据整合度高、且专注于直接测序蛋白质序列的数据库，为生物信息学研究者提供了丰富、准确且全面的蛋白质序列信息资源。通过其独特的结构与功能，SWISS-PROT在蛋白质序列数据库领域占据了重要地位，为科学研究与生物信息学发展做出了显著贡献。

三、SWISS-PROTSwissProt - 特点

1、SwissProt是一个蛋白质序列数据库，与EMBL核酸序列数据库格式相同，采用双字母标识字管理，但对用户，尤其是不熟悉数据库格式的用户来说，这在使用时可能带来不便。ExPASy开发了面向生物学家的、基于浏览器的用户界面，通过可视化方式表示氨基酸特征表，使用户能够直观了解序列特性，如二硫键、跨膜螺旋、二级结构片段、活性位点等。截至1998年6月，SWISS-PROT数据库包含约7万条序列，覆盖5千多个不同种属，主要来源于如人类、小鼠等模式生物。

2、SWISS-PROT数据库的序列条目格式与其它蛋白质序列数据库不同。例如，序列条目由两个字母起始，表示信息类型，最后一行以双斜杠//结束。ID行表示序列名称为OPSD_SHEEP，有348个氨基酸残基。ID包含蛋白质名称缩写（OPSD）和物种来源（SHEEP），中间用下划线分隔，表示该蛋白序列来源于绵羊的视紫红质。序列条目的标识符ID可能随版本更新改变，因此采用AC（accession number）作为特定序列的唯一标识符，具有永久性。在文献引用中，应使用AC而非序列名称或ID。AC代码便于计算机处理，即使在AC行出现多个代码值，也应以第一个为准。DT行提供了蛋白质序列提交和最近修改的时间信息。描述行（DE）简要说明蛋白质，如视紫红质。接下来提供基因名（GN）、物种来源（OS）和分类学位置（OC）等信息。基本注释信息包括文献信息、测序信息、结构或突变相关的信息，为用户提供有价值的信息。注释信息后是按主题区分的功能（FUNCTION）、翻译后修饰（PTM）、组织专一性（TISSUE SPECIFICITY）、亚细胞定位（SUBCELLULAR LOCATION）、相似性（SIMILARITY）等描述。蛋白质序列数据库还与PIR、GPCR、PROSITE和ProDom等数据库链接，提供序列、结构和功能的相关信息。

3、SWISS-PROT数据库中的序列数据与蛋白质前体对应，用户可通过特征表提供的信息推断成熟蛋白质或多肽序列。特征表包括跨膜螺旋、配体结合位点、翻译后修饰位点等超二级结构单元的注释。序列数据格式便于计算机软件查询，通过对每行起始的标识字建立索引文件，用户可以方便地找到所需字段。SWISS-PROT数据库的这种结构和功能设计，为生物学家和蛋白质研究者提供了强大的工具，促进对蛋白质序列和功能的理解与研究。